生卒年均不详，约唐玄宗开元八年至宪宗元和五年间在世，年八十余岁。天宝末，避乱居剡溪，自号东海钓客。大历五年，（公元七七o年）北都留守薛兼训爱其文，奏为右卫率府仓曹军，不就。后客居泉州南安，结庐九日山中，自号南安居士。穴石为砚，注老子，终年不出。张建封闻系不可致，就加校书郎。姜公辅以直言罢为泉州别驾，朝夕与见，遂忘流落之苦。公辅卒，（公元八o五年）妻子在远方，系为营葬。与刘长卿、韦应物善，常以诗相赠答。后又东渡秣陵，卒。南安人思之，号其山为高士峰，建亭于上，名曰丽句亭。
天宝末年，秦系携带妻儿到剡溪避乱。大历五年(770年)，仆射薛兼训奏请朝廷授予秦系“右卫率府仓曹参军”(皇室禁卫官)。他“意所不欲，以疾辞免”。后因“家事获谤”，与妻子离异，离开剡溪，回到若耶溪旧居。
建中元年(780年)，秦系乘舟南下，隐居南安丰州九日山。他在西峰巨岩大松(俗传东晋时所植)下结庐筑室，偃卧栖息。
秦系在九日山，过着“不逐时人后，终年独闭关”的生活。读注老子《道德经》，经常在石崖水畔垂钓，自号“东海钓客”。
建中初(781～782年)，泉州刺史薛播常上山拜会秦系，逢年过节馈送牲礼酒食，但秦系从不到城里，尝作诗《答泉州薛播使君重阳赠酒》：“欲强登高无力也，篱边黄菊为谁开？共知不是浔阳客，那得王弘送酒来？”贞元四年(788年)秦系已经年过六旬，御史大夫张建封深知秦系不肯出来当官，奏请德宗，就地封他一个挂名的“校书郎”。
秦系隐居九日山12年后(792年)，姜公辅被贬为泉州别驾，也上九日山。两人结邻而居，饮酒赋诗，评史论文，十分投契，一起生活13年。席相为泉州刺史(791～794年)，常和欧阳詹等名士上九日山，陪秦系和姜公辅游览，并在生活上加以照顾。
元和元年(806年)，在姜公辅去世的第二年，秦系离开九日山，归吴越，渡秣陵(今南京)，过丹阳，云游四方，年80余卒。泉州人在九日山建亭纪念，称“秦君亭”；他隐居的西峰号“高士峰”。
少小为儒不自强，如今懒复见侯王。览镜已知身渐老，
买山将作计偏长。荒凉鸟兽同三径，撩乱琴书共一床。
犹有郎官来问疾，时人莫道我佯狂。
不饵住云溪，休丹罢药畦。杏花虚结子，石髓任成泥。
扫地青牛卧，栽松白鹤栖。共知仙女丽，莫是阮郎妻。
由来那敢议轻肥，散发行歌自采薇。逋客未能忘野兴，
辟书翻遣脱荷衣。家中匹妇空相笑，池上群鸥尽欲飞。
更乞大贤容小隐，益看愚谷有光辉。
不逐时人后，终年独闭关。家中贫自乐，石上卧常闲。
坠栗添新味，寒花带老颜。侍臣当献纳，那得到空山。
闲闲麋鹿或相随，一两年来鬓欲衰。琴砚共依春酒瓮，
云霞覆著破柴篱。注书不向时流说，种药空令道者知。
久带纱巾仍藉草，山中那得见朝仪。